Mezi témata řešená na katedře aplikovaných rostlinných biotechnologií patří výzkum účinných látek ostropestřece mariánského, třapatky nachové, parchy saflorové, heřmánku lékařského, máku setého, chmele otáčivého, ovsa setého, tisu obecného, ječmene setého a dalších rostlin. Úspěšné řešení vedlo k podání několika patentů, užitných vzorů a vydání vědecké monografie „Technologie pěstování a zpracování Echinacea purpurea na extrakt s požadovanými prvky jakosti a podklady pro jeho certifikaci.“ Na pracovišti byl řešen projekt MŠMT KONTAKT ME 704: Technologie pěstování rostlin Echinacea purpurea a Schizandra chinesis a extrakce účinných látek ve spolupráci s laboratoří analytické chemie ÚSBE. Toto pracoviště také spolupracovalo na projektu laboratoře analytické chemie COST – OC D28.001 Biologicky aktivní látky v druzích rodu křídlatka (Reynoutria Houtt.).

Farmaceuticky významný flavonoid rutin je zkoumán v různých odrůdách pohanky seté a pohanky tatarky ve spolupráci s katedrou rostlinné výroby a agroekologie Zemědělské fakulty. Pohanka patří mezi významné zdroje rutinu využívané pro farmaceutické účely. Rozsáhlý výzkum v rámci výzkumného záměru MSM zahrnuje sledování obsahu rutinu v různých odrůdách obou druhů pohanek a sledování vlivu agrotechnických postupů na obsah flavonoidů. Další projekty jsou řešeny ve spolupráci s Výzkumným ústavem rostlinné výroby v Praze–Ruzyni, velmi úspěšně probíhá také mezinárodní spolupráce. Zde byl v posledních letech řešen grant věnovaný pohance seté a pohance tatarce MŠMT 1P05ME808 Diversita genetických zdrojů pohanky, její využití pro setrvalý rozvoj zemědělství a výrobu zdravých potravin v ČR a Číně. Sledování dalších biologicky aktivních látek v různých odrůdách pohanky a testování alelopatických vlastností pohanky probíhá ve spolupráci s laboratoří analytické chemie ÚSBE. Pracoviště katedry aplikované chemie využívá pro řešení svých výzkumných úkolů moderního analytického vybavení. Výsledky práce jsou prezentovány v řadě příspěvků na domácích a zahraničních konferencí a zejména v publikacích ve vědeckých časopisech.

Také studenti se podílejí na řešení výzkumných úkolů katedry a mají možnost zpracovávat zde svoje bakalářské a diplomové práce. Pro úspěšné absolventy naší i dalších vysokých škol jsou určeny doktorské studijní programy.